这是因为您的发行版采用了PEP 668 – Marking Python base environments as “externally managed”。
TL;DR：使用venv：

python3 -m venv .venv
source .venv/bin/activate
python3 -m pip install -r requirements.txt

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说来话长：您的发行版试图保护您避免混合使用apt提供的软件包和pip提供的软件包。混合使用两个软件包管理器（这里是apt和pip）总是一个坏主意，也是许多问题的根源。
PEP 668是分发版明确告诉用户避免陷入这种陷阱的一种方式。您的分发版在消息中告诉您三种解决方案，但只有第二种完全适用于您的用例：

• 使用apt install python3-xxx。它并不完全适用于你，因为你有一个requirements.txt，而不是一个单一的依赖项。如果你在文件中只有几个需求，并且可以手动为每个需求做它，就像apt install python3-xxx python3-yyy python3-zzz一样。在这种情况下，没有奇怪的包管理器混合：你使用apt安装了python3，你使用apt安装了你的依赖项：没有什么奇怪的。
• 使用venv：python3 -m venv .venv，然后source .venv/bin/activate，然后pip install -r requirements.txt。在这种情况下，安装包含在.venv目录中：没有apt和pip的混合，没有惊喜。
• 使用pipx并不完全适用于您的情况，pipx适合安装和使用程序，如pipx install black，但在这里您需要安装需求文件中列出的库，而不是程序。

还有另一种方法，我经常自己使用，因为我经常需要多个不同的Python版本：

• 使用你的发行版没有提供的Python，所以它不会弄乱apt安装的东西，也不会采用PEP 668。我经常使用a short bash function自己编译许多Python解释器，这些解释器使用--prefix=~/.local/，用于测试目的。对于那些Python，我使用venv或者旧的pip install，在这种情况下，pip将把它安装在~/.local/中，同样，apt和pip之间没有冲突，没有坏的意外。

在pip的末尾使用--break-system-packages。
这将在您的本地用户目录~/.local/lib/python3.11中安装软件包。

pip install xyz --break-system-packages

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将以下内容添加到您的 ~/.config/pip/pip.conf 文件中：

[global]
break-system-packages = true

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如果你想了解更多，你可以点击这里。

在升级到Ubuntu 23.04（Lunar Lobster）后，我在pyenv内部遇到了这个错误。作为这次升级的一部分，系统Python也从3.10升级到了3.11。重新安装pyenv没有帮助。我不得不：
1.删除所有通过which pip发现的pip示例（还有sudo which pip，因为它一直指向.pyenv/shims，root用户没有安装pyenv）
1.使用pyenv global <version>切换到任何pyenv安装的python
1.使用get-pip.py安装pip：

wget https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py
python get-pip.py
rm get-pip.py

用途：

sudo rm /usr/lib/python3.11/EXTERNALLY-MANAGED

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sudo rm /usr/lib/python3.*/EXTERNALLY-MANAGED

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虽然公认的答案对于常规的Python使用是正确的，但我错过了关于Docker的部分。正如in this answer很好地解释的那样，许多人没有在Docker中使用venv，因为它没有真正的价值，因为容器根据定义提供了一个隔离的环境。
正如在PEP-668本身中提到的，删除文件标记可能是可以的：
因此，基本容器映像的构建者可能希望确保标记文件不存在，即使底层操作系统默认提供了一个标记文件。
然而，我觉得使用venv仍然是一种更好的方法，如果你需要在Dockerfile中进行更改，为什么不以正确的方式进行呢？

# Assuming somewhere on top there is already `python3-venv` installed 
# via system package manager, e.g. `apt-get install -y python3-venv`

RUN python3 -m venv /opt/venv
ENV PATH="/opt/venv/bin:$PATH"

# Below you can continue using `pip install` as normal

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消息已经传递了解决方案：

× This environment is externally managed
╰─> To install Python packages system-wide, try apt install
    python3-xyz, where xyz is the package you are trying to
    install.

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试试这个：

sudo apt install python3-<package>

型
对我很有效。