我试图用一个重要文本的结果来制作一个箱线图,理想情况下,使用Student检验和/或Wilcoxon检验比较两个不同自动分析仪之间的两组浓度。如果我运行以下代码(请注意,代码不包括直方图的输入语句,但它包含程序中使用的所有库,尽管许多库不适用于代码的直方图部分):
library(tidyverse) #Data frame creation manipulation
library(tidyquant) #Specialized quantifications - may or may not use
library(timetk) #Updating dates amd other time series data
library(purrr) #Programming toolkit for R
library(reshape2) #Data manipulation tools
library(openxlsx) #Access to Excel xlsx files
library(labelled) #labelling var_label list functions used for creating variable labels and
#labels for plots using output
library(ggplot2)
library(ggsignif) #Significance tests in ggplot
library(rstatix) #Shapiro-Wilks Test
library(tseries) #Jarque-Bera test
library(Hmisc) #describe function
library(ggcorrplot)
library(ggpubr)
library(gt)
library(scales)
library(table1)
library(moments)
df2 <- df[c("station","date","method1","method2")]
df2 <- melt(df2, id.var=c("station","date"))
df2 <- rename(df, Autoanalyser=variable, Concentration=value)
str(df2)
df2
ggplot(df2, aes(x=Autoanalyser, y=Concentration)) + geom_boxplot() +
geom_signif(comparisons = list(c("method1", "method2"),
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test =“t.test”),map_signif_level=TRUE)
R确实产生了一个很好的箱线图,如这里所示enter image description here
然而,它没有提供显著性结果。从我所能告诉的代码应该是正确的。然而,R为我提供了典型的和奇妙的神秘信息,它告诉我什么都没有,如下所示:
警告消息:stat_signif()
中的计算失败,原因是if (scales$x$map(comp[1]) == data$group[1] | manual) ...
中的错误:!在需要TRUE/TRUE的地方缺少值
奇怪的是,如果我删除test=“t.test”选项,我可以得到显着性检验结果。但是我怎么知道使用的是哪个检验?有几种可能性。有人有线索吗?
数据如下:
enter image description here的
1条答案
按热度按时间iyfjxgzm1#
我找到了我自己的问题的答案,包括使用rstatix包的t_test函数和ggplot中的stat_pvalue_manual选项。我相信我已经很好地概括了代码,对于大多数没有经验的用户来说,都能理解它。
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