合并100，000个CSV文件并在每次迭代中添加缺失信息

drnojrws 于 11个月前发布在其他

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我正在写一段代码，它把大约100，000个文本文件放在一起，并添加丢失的数据。每次迭代调用pandas df都很慢，有更推荐的方法吗？

for root, dirs, files in os.walk(resultsDir):
    for file in files:
        if file.endswith('.txt'):
            resultsFile = os.path.relpath(os.path.join(root, file))
            df = pd.read_csv(resultsFile, delimiter='\t')
            # parsePath data
            df['path'] = resultsFile
            df['resultsFile'] = file
            pathLvls = resultsFile.split(os.sep)
            df['sdCard'] = pathLvls[-3][:5]
            df['site'] = pathLvls[-3][6:]
            df['capture'] = pathLvls[-4]
            if not os.path.isfile(resultsFile):
                print(f' resultsFile {resultsFile} is missing')
            if df.empty:
                breakpoint()
                print(f'{resultsFile} empty results file')
                df['error'] = "empty results file"
            else:
                df2 = pd.concat([df2, df], ignore_index=True)

字符串

csv

来源：https://stackoverflow.com/questions/77593881/combining-100-000-csv-files-and-adding-missing-information-on-each-iteration

1条答案

按热度按时间

s8vozzvw1#

解决方案是使用threading或asyncio进行基于i/o的操作。
下面是一个例子：

import pandas as pd
import threading
import queue
import time

file_list = ['file1.csv', 'file2.csv', ...] # List of n file paths

def load_file(file, queue):
    df = pd.read_csv(file)
    queue.put(df)

q = queue.Queue() 

threads = []
for f in file_list:
    t = threading.Thread(target=load_file, args=(f, q)) 
    t.start()
    threads.append(t)

df = pd.DataFrame()
for t in threads:
    t.join()
    df = df.append(q.get())
    
print(df)

字符串
基本上，就像这样：

使用队列在线程之间共享加载的DataFrame
每个文件一个线程（我从来没有尝试过100，000线程）
加入所有线程以等待完成

您需要使用os.walk()来填充列表等。

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