我有两个想法，一个是你可以看看Minecraft Forge是如何创建他们的插件API的。
另一种方法是在核心代码和实际插件之间使用有限的API，但是，您需要小心平台。例如，如果您使用Java或C#编写核心应用程序，那么我可以使用Aspect Oriented Programming（AOP）绕过您的安全性，让我的代码更改您的行为。
如果你使用functional programming（FP）语言，那么你可以从这种类型的方法中得到更多的保护，如果你也没有在这些平台上使用语言，但它们并不完美。
因此，在功能和方便性之间存在权衡，那么您希望您的应用程序有多有用，以及有多安全？
一个可能可行的解决方案是，如果你使用类似于Minecraft的东西，虽然我怀疑他们会这样做，但是，给予一个存根应用程序给用户。他们可以用插件扩展它，他们可以修改的接口功能在存根中。当程序启动时，插件被加载，接口可能会被修改或扩展，但是，然后核心程序被拉下来放进存根中，然后实际的程序运行。核心程序可以被重新编译和操纵，这样方法名就被改变了，所以反射更难使用，但是采用这种方法，并且做得很好，会很难。
顺便说一句，我喜欢Alex T的回应，我只是给了他的一些不同的术语，比如AOP而不是反射，不变性是FP的一部分。
你提到了jar，这意味着你正在使用在JVM上运行的东西，所以你可能想阅读AspectJ，因为它可以显着改变应用程序的行为。你可以有私有方法，但我可以把代码运行，而不是你的，或改变参数或返回值之前或之后的方法被调用。

为了保护类内部的变量，你可以将它们设置为private，并通过getter和setter方法使用不同的levels of protection进行访问。这也适用于类本身;如果你想阻止用户能够示例化一个类，你可以将类的构造函数标记为protected，以允许只在它的包内示例化。
如果您想完全隐藏一个类的实现细节，您可以将该类声明为class X而不是public class X，这将对标准开发的API隐藏方法。
这将很快让你得到你想要的行为，但是Java有一个叫做reflection的方面，它允许一个可执行的Java程序分析和操作它自己的实现;在这方面，no field or method is ever completely safe。
您还可以通过'immutable' Objects提供对变量的访问来保护变量;这些对象旨在禁止调用者修改原始源代码内容。