您不需要sed来执行此操作（但请参阅最后的解释，了解尝试失败的原因以及工作的sed命令）。
使用足够新的bash（[[ string =~ regexp ]]和BASH_REMATCH至少为3.0）：

for f in *.html *.zip; do
  [[ "$f" =~ ^(([^_]*_){2}).+((_[^_]*){2})$ ]] && mv "$f" "${BASH_REMATCH[1]}${BASH_REMATCH[3]}"
done

字符串
一个老的bash：

for f in *.html *.zip; do
  set -f; ifs="$IFS"; IFS=_ a=( $f ); IFS="$ifs"; set +f; n="${#a[@]}"
  (( n > 4 )) && mv "$f" "${a[0]}_${a[1]}__${a[n-2]}_${a[n-1]}"
done

型
注意：set -f; ...; set +f暂时禁止路径名扩展，因为您的文件名可能包含glob运算符（*，?，[...]）。
尝试失败的原因是sed试图从左到右匹配正则表达式（并且是贪婪的）。在sed 's/_[^_]*_/_/'中，最左边的匹配被替换。如果文件名为S_1004_DKDL220006264-1A_HLGLFDSX3_L4_cleaned_1_fastqc.html，则匹配部分为_1004_（最左边），结果为S_DKDL220006264-1A_HLGLFDSX3_L4_cleaned_1_fastqc.html。
如果你真的想使用sed，你可以尝试：

sed 's/^\([^_]*_[^_]*_\).\+\(_[^_]*_[^_]*\)$/\1\2/'

型

新的文件名可以使用POSIX shell中内置的字符串操作功能来计算。尝试以下Shellcheck-clean代码：

#! /bin/sh -

for file in *_*_*_*_*.*; do
    [ -f "$file" ] || continue

    suffix=${file##*.}
    [ "$suffix" = zip ] || [ "$suffix" = html ] || continue

    base=${file%.*}
    tmp=${base#*_*_}
    start=${base%"$tmp"}
    tmp=${base%_*_*}
    end=${base#"$tmp"}

    newfile=${start}${end}.${suffix}

    echo mv -v -n -- "$file" "$newfile"
done

字符串

• 我用bash和dash（/bin/sh引用的最常见的shell）对此进行了测试。
• [ -f "$file" ] || continue如果当前匹配的文件不是常规文件，则跳过当前匹配的文件。这可能是因为它是其他文件类型（例如，目录或fifo），或者因为没有文件匹配该模式（因此$file的文字值为*_*_*_*_*.*）。
• 有关${file##*.}、${file*.*}和其他字符串操作的解释，请参见POSIX Shell Command Language文档的参数扩展部分。
• 如果您对代码能够按照您的要求运行感到满意，请删除echo。

尝试使用awk而不是sed

for file in *.html *.zip; do
  new_name=$(echo "$file" | awk -F"_" '{print $1"_"$2"_"$NF}')
  mv "$file" "$new_name"
done

字符串

如果你正在寻找一个awk脚本来实现上述解决方案。我会将字段分隔符设置为_，然后打印所需的字段（第一个，第二个，最后一个，但第二个和最后一个字段），第一个，第二个和最后一个由_分隔，最后一个，但第二个由__分隔。NF是预定义的变量。
以下是示例：

files=("All_files")

for file in "${files[@]}"; do
  new_name=$(echo "$file" | awk -F '_' '{print $1 "_" $2 "__" $(NF-1) "_" $NF}')
  echo "$file -> $new_name"
  # mv "$file" "$new_name" # uncomment to rename them actually
done

字符串
脚本演示

替代方案（使用perl）：

files=("All_files")
for file in "${files[@]}"; do
  new_name=$(echo "$file" | perl -pe 's/(S_\d+)_.*_.*_(.*_.*)/\1__\2/')
  # currently the regex used with perl can accept any character.
  # If you require only word characters(i.e. [A-Za-z0-9_]), replace .* with \w*
  echo "Renaming: $file -> $new_name"
  # mv "$file" "$new_name"
done

型
脚本演示

如果你想给予一下Perl一行程序：

perl -pe '{s/(^.+_\d+_).+(_\d_fastqc.+)/\1\2/}' file

字符串
-e：允许您在命令行上输入程序。
-p：假设程序有一个循环，如：while（<>）{...}。它也会打印这行，所以print语句是不必要的（将它与下面的-n进行比较）。
-n：假设一个while循环while（<>）{...}。但是除非你显式地打印它，否则它不会打印该行。这不是程序的一部分，但是我在这里把它和-p进行比较。如果你用-n写了同样的一行程序，你的程序会像这样：
perl -ne '{$_ =~ s/(^.+_\d+_).+(_\d_fastqc.+)/\1\2/; print $_}' file的值。该值为
$_：这是Perl的默认变量。实际上，您可以省略它，并将其写成：
perl -pe '{s/(^.+_\d+_).+(_\d_fastqc.+)/\1\2/}' file个
s///：这是Perl的替换运算符。例如，s/old/new/ #Replaces old with new.
剩下的就是正则表达式了（我相信你可以用很多不同的方法来写这一部分，下面是一种方法）：
s/(^.+_\d+_).+(_\d_fastqc.+)/\1\2/：这将匹配每行。
(^.+_\d+_)：从行首到第二个下划线得结尾进行捕获.它被\1捕获.
(_\d_fastqc.+)：匹配从左起第二个下划线右侧的任何内容。由\2捕获。
\1捕获第一组()的内容，而\2捕获第二组()的内容。
要了解它们的作用，最好的方法是只使用\1或\2运行。
简而言之：您只使用行的捕获部分替换整行，因此非捕获文本将被删除