我需要将SNOMED CT本体导入到图形数据库中，在本例中为Neo4J，但它最终可能是另一种选择。然而，我找不到一个清晰的描述SNOMED CT底层关系数据模型，为了实现这一点。或者至少，简化的SQL视图，以一种可以Map到图形数据库的方式暴露实体关系。我将非常感谢任何指导或以前的经验与这件事。
wmtdaxz31#
直接尝试序列化关系数据模型可能会非常困难，并且会让您离目标更远。值得注意的是，SNOMED数据实际上已经可以以RDF格式使用了。所以你可以“免费”得到一个图结构。例如，this项目以RDF格式提供数据，无论您选择Titan还是Neo4j，将RDF数据放入图表都非常简单。
附注：
我的一个同事实际上已经将SNOMED数据导入到Grakn Graph中，这是一个我们都在使用的语义图系统。如果你感兴趣，你可以看看他的工作here。Grakn是一个运行在Titan之上的语义图解决方案。
wtlkbnrh2#
如果您正在寻找如何将概念，描述和关系建模到Graph数据库的示例。我在Github中有一个示例项目，可以将Snomed数据上传到Neo4j数据库。https://github.com/pradeepvemulakonda/Snomed在您进入实现细节之前，我建议您尝试以下Snomed数据浏览器，http://ontoserver.csiro.au/shrimp/的一旦你了解了概念和关系，你就可以通过实现来理解。你可以使用以下要点来理解如何在Neo4j中查询上传的概念和关系。https://neo4j.com/graphgist/95f4f165-0172-4b3d-981b-edcbab2e0a4b#listing_category=health-care-and-science
izj3ouym3#
SNOMED可以使用NIH发布的UMLS（统一医学语言系统）加载到MySQL中。一旦加载，表MRREL包含SNOMED节点之间的所有关系。如果您想立即在Neo4j中加载它，您可以完全跳过MySQL步骤，直接使用UMLS RRF文件。RRF文档格式不是很好，但文件很容易解析表格文本。
x0fgdtte4#
实际上有三个表，概念、描述和关系你会发现他们在这里描述：https://confluence.ihtsdotools.org/display/DOCTIG/3.1.+Components最重要的是关系和概念以及描述和概念之间的关系。
ejk8hzay5#
SNOMED International有一个将SNOMED CT加载到各种类型的数据库中的项目，包括Neo4J，此处：https://github.com/IHTSDO/snomed-database-loader
5条答案
按热度按时间wmtdaxz31#
直接尝试序列化关系数据模型可能会非常困难，并且会让您离目标更远。
值得注意的是，SNOMED数据实际上已经可以以RDF格式使用了。所以你可以“免费”得到一个图结构。
例如，this项目以RDF格式提供数据，无论您选择Titan还是Neo4j，将RDF数据放入图表都非常简单。
附注：
我的一个同事实际上已经将SNOMED数据导入到Grakn Graph中，这是一个我们都在使用的语义图系统。如果你感兴趣，你可以看看他的工作here。Grakn是一个运行在Titan之上的语义图解决方案。
wtlkbnrh2#
如果您正在寻找如何将概念，描述和关系建模到Graph数据库的示例。我在Github中有一个示例项目，可以将Snomed数据上传到Neo4j数据库。
https://github.com/pradeepvemulakonda/Snomed
在您进入实现细节之前，我建议您尝试以下Snomed数据浏览器，
http://ontoserver.csiro.au/shrimp/的
一旦你了解了概念和关系，你就可以通过实现来理解。你可以使用以下要点来理解如何在Neo4j中查询上传的概念和关系。
https://neo4j.com/graphgist/95f4f165-0172-4b3d-981b-edcbab2e0a4b#listing_category=health-care-and-science
izj3ouym3#
SNOMED可以使用NIH发布的UMLS（统一医学语言系统）加载到MySQL中。一旦加载，表MRREL包含SNOMED节点之间的所有关系。如果您想立即在Neo4j中加载它，您可以完全跳过MySQL步骤，直接使用UMLS RRF文件。RRF文档格式不是很好，但文件很容易解析表格文本。
x0fgdtte4#
实际上有三个表，概念、描述和关系
你会发现他们在这里描述：https://confluence.ihtsdotools.org/display/DOCTIG/3.1.+Components
最重要的是关系和概念以及描述和概念之间的关系。
ejk8hzay5#
SNOMED International有一个将SNOMED CT加载到各种类型的数据库中的项目，包括Neo4J，此处：https://github.com/IHTSDO/snomed-database-loader