！！！对于以下所有内容，使用的numpy版本是1.21.0
我目前正在处理一些与基因信息有关的开源代码，当我第一次尝试运行它时，它在第一步中什么都不做，经过一些调查，我发现问题来自以下代码（在我的情况下，allele_matrix是一个numpy数组的形状（1024，1，2），dtype为np.int8）

dot_mask = allele_matrix == -1
    
if np.any(dot_mask):
    missing_rep_val = np.max(allele_matrix) + 1
    allele_matrix[dot_mask] = missing_rep_val # This line runs forever
else:
    missing_rep_val = None

字符串
由于这个项目的编译有点奇怪，我认为这与它有关，并决定提取数组allele_matrix（使用np.save）并在一个非常简单的Python脚本中尝试完全相同的操作，但出现了同样的问题：

import numpy as np
a = np.load("allele_mat.debug.npy")
a[a == -1] = 2 # Same problem here

型
然后我认为这可能与数组中的奇怪值有关，但当我尝试使用np.unique查找数组中的值时，代码也冻结了。

np.unique(a) # Also runs forever

型
我能够使用循环和迭代数组手动完成上述操作：它工作。通过使用此操作，我发现此数组中的值仅限于{-1，0，1}

# This works as expected and gives {-1,0,1}
import numpy as np
a = np.load("allele_mat.debug.npy")
vals = set()
for i in range(1024):
    for j in range(1):
        for k in range(2):
            vals.add(a[i][j][k])
print(vals)

型
这不是一个性能问题，因为只有2048个元素，它应该是非常即时的。（例如[[[-1,0]], [[0,1]]]，甚至将dtype设置为np.int8），掩码分配工作正常。此外，对于任何这些执行，内存使用量保持在50 MB以下，我的机器有16 GB的内存
这种冻结问题出现在代码中的多个地方，因此将它们全部切换到循环替代方案实际上并不可行。
您可以通过运行以下命令下载我用于所有测试的文件（第一次使用此托管服务时，我不知道链接将有效多久）

curl -X GET https://basedbin.fly.dev/LGZ0FI.debug --output mat.npy

型
如果有人知道可能发生的事情，那将是一个很大的帮助！