好的，找到了，在窗口的最右边有一个“数据库”选项卡。
在PyCharm 5 Pro至少

TL;DR：如果有人遇到这个问题，我已经用JetBrains工具箱修复了，升级PyCharm，使用默认配置即可。

详细说明

1.下载JetBrains Toolbox，如果你还没有。
1.如果您是通过JetBrains插件安装PyCharm，请跳过此步骤。否则，请 * 卸载 * PyCharm然后重新启动。
1.启动Jetrbrains，然后输入您的许可证信息。
1.使用安装/更新PyCharm。
1.使用JetBrains启动PyCharm。
1.如果提示您从旧版本的PyCharm导入配置文件，请不要 * 导入。如果您需要这些配置，那么我建议您稍后手动设置它们。
1.打开现有项目。
1.打开数据库工具窗口（View -> Tool Windows -> Database）

1. PyCharm应该会自动检测Django Sqlite3数据库。
   1.单击通知，它应该添加一个名为Django default的数据源。