我想在Snakefile中创建一个可以调用其他规则的规则。
例如，我想创建一个规则re，它调用clean及其之后的all。
以下是Makefile版本：

.PHONY=all clean re
all: toto.txt

toto.txt:
    touch toto.txt

clean:
    rm toto.txt

re: clean all

字符串
在这个Makefile中，re导致创建的文件完全重新生成。
我在Snakemake中寻找了很多方法，我没有找到一个愉快的方法。
以下是我的研究结果：

• 在shell部分调用snakemake（不可能，坏主意）
• 复制re中的规则内容（不可能，我的真实的案例对此来说太复杂了）。
• 我们可以访问输入和输出中的“rules”参数。我没有找到一种方法来“调用”其他规则。你有什么想法吗？
• 我们可以把touch("rule.done")放在被调用规则的输出中，然后在“re”规则中调用它们。这些文件在文档中称为Flag文件。问题是，规则完成后会留下一些文件，所以我发现...
• 我们可以把temp("filename")放在被调用规则的输出中，让Snakefile在运行后删除它们。

因此，我的snakefiler最终是这样的：

rule all:
    input: toto.txt
    output: temp(touch("all.done"))

rule generate_toto:
    output: toto.txt
    shell: touch toto.txt

rule clean:
    output: temp(touch("clean.done"))
    shell: rm toto.txt

rule re:
    input: "all.done", "clean.done"

型
但它不起作用，因为Snakemake启动规则的顺序是：
generate_toto > clean > all
这会导致超时，因为作业all等待toto.txt的创建。我没有找到一种方法告诉Snakemake在执行all之前只执行clean。
看起来这是一个小问题，但它只是一个例子，而不是我的真实的情况：我想all调用一个启动脚本的规则，但我不能这样做。我的.PHONY在哪里？：'（
所以继续说：

• 我们如何从一个规则中调用其他规则？
• 我们怎么能让Snakemake以特定的顺序运行规则（没有明显的解决方案，使每个规则相互依赖，这不是固体请）？